一‧mutation：
- 介紹：New mutations are more likely to be harmful than beneficial
- 突變的種類：
發生在coding region的情況下
a. silent mutation(neutral mutation)：改變一個nucleotide，但是不影響其轉譯出來的胺基酸種類，故不影響生物體。(此概念與後面章節的neutral theory of evolution概念可以呼應)
b. missense：點突變，而且改變轉譯出來的蛋白質結果，以sickle-cell anemia為代表。
c. nonsense：點突變，而且改變成終止密碼子，使得轉譯不出蛋白質
d. frameshift：插入一個nucleotide，使得整個轉譯出來的胺基酸都不同了
- mutation的形成：
a. spontaneous：機率非常低(百萬分之一)
在細胞複製過程中出了差錯
b. induced：有較高的機率
分成物理性成因與化學性成因
化學性：以HNO2為例子：replace amino group for a keto group
形成不對的鍵結：deamination
物理性：以輻射為代表：
Ionizing：高能量，破壞結構，形成free radical
Nonionizing：能量較弱，穿透表面，形成thymine dimmer(發生在兩個dATP相鄰排列時)
二‧DNA repair：
Direct repairing：直接修補，將不正確的官能基改成正確的，然後就完成修補
另一種方式，是先切除部分序列，再重新配對，課本介紹了兩套系統：NER：nucleotide excision repair systems與Methyl-directed mismatch repair systems
1. NER：能在各生物中發現，以E.COLI為例，它使用NER系統來修補紫外線造成的Thymine dimer，參與的蛋白質包括：
UvrA：與UvrB形成複合體，沿著DNA分子上移動，辨識錯誤或受損的DNA
UvrB：當辨識到錯誤時，UvrA被釋放，UvrC與之結合
UvrC：切除片段
UvrD：為解旋酶，移除被切下來的片段。最後polymerase複製出另一端，修補完成
2.Methyl-directed mismatch repair systems：辨識不遵守AT/CG法則的片段
存在於各種生物中，與許多蛋白質的參與有關。
參與蛋白質：MutH , MutL , MutS
功能：MutH：辨識新舊股，以是否有methylation為基準(有的話是舊股)
MutL：與MutS形成複合體，並促使MutH切割錯誤股的片段
MutS：找出錯誤的配對
接著，錯誤的那一段被exonuclease給分解，polymerase與ligase的作用，使得修補完成。
三‧cancer：
1. 癌症發生的步驟：
不正常的細胞增生 ---- 腫瘤 ----- malignant tumor(惡性腫瘤) ----- invasive ---- metastasis(轉移)
2. 癌症與基因：
與致癌相關的基因有二：oncogene與tumor-suppressor gene
A. proto-oncogene：發生突變後，會變成oncogene，與細胞訊息傳遞相關(ex.RAS基因，機轉：RAS基因與GTP結合，無法被調結，處於高活化狀態)，其有四種常見的基因變異而導致癌症
(1) missense mutation
(2) gene amplification：同一段基因發生重複，使過量的蛋白被製造
(3) chromosomal translocation：染色體發生變異，常見於癌細胞中
(4) retroviral insertion：外來的病毒插入病毒基因，有可能插入調節基因而使之過度表現；或是插入了oncogene，使產生過度的細胞分裂
B. suppressor genes：有兩種形式，一種是維持細胞基因體的正常；另一種是抑制細胞的增生
(1) checkpoint proteins：以P53為代表，約有百分之五十的人類癌症與之相關
a. cyclin與cdks(詳見細胞訊息的那一章)：advance a cell through four phases of the cell cycle
b. checkpoint能夠停止cyclin與cdks，使基因不至於在毀損的情況下，傳遞到下一個子代細胞
(2) RB gene：調結細胞分裂的進行
a. E2F：一種regulatory transcription factor，為細胞從G1期到S期所必備的
b. RB gene能夠與E2F形成複合體，阻止E2F與DNA的結合
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