1. Carl Woose利用rRNA的序列，將生命分成三大類：Bacteria Archaea Eukarya
使用的原因：
a. 所有生物皆有rRNA
b. 序列的變異緩慢(rRNA對生命體重要)，故能追溯至較遠的年代
c. 有一段序列只出現在Bacteria，而不再Archaea上
2. Bacteria：
a. 細胞壁：由肽聚醣(peptidoglycan)構成
依照其細胞壁的特性，又能分成兩大類：gram positive與gram negative
利用gram stain染細胞壁：先加入碘液與crystal violet，接著用alcohol清洗，最後再用safranin覆染，最後會出現兩種不同的結果。
(1)Gram positive：紫色，有較厚的細胞壁，物理強度強，加入alcohol會讓染劑被封在細胞壁中，讓safranin無法染色
(2)Gram negative：紅色，外有一層細胞膜，細胞壁較薄，化學強度較強，加入alcohol後會讓外層的膜破壞，讓染劑難以被固定，故最後呈現safranin的紅色
(3)有些抗生素能夠干擾peptidoglycan的合成，對gram positive cell的影響較顯著(對其他細胞較無影響)
b. 運動：利用鞭毛運動，與真核的basal body(3x9)以及鞭毛的9x2+2的型態不同。其鞭毛由proton pump與hook組成，
c. 生殖：無性生殖
造成遺傳變異的方式：conjugation transduction transformation
3. Archaea：
a. 細胞壁：與Bacteria不同，由多醣類與蛋白質組成，缺乏peptidoglycan
b. 細胞膜：不含酯類(ester)，以醚類(ether)為主
c. 多居住在極端的環境
Extreme thermophile：嗜高溫菌：taq酵素即來自溫泉中的嗜高溫菌，為用在PCR的polymerase
Extreme halophile：嗜高鹽菌：死海的嗜高鹽菌具有rhodopsin，為離子幫浦的，故呈現紅色
Methanogen：甲烷菌：生成甲烷的古細菌(生存在沼澤等不良環境)，有的甲烷菌生活在草食動物的腸道，生成大量的甲烷，與溫室效應相關連。
4. 原生動物：
a. 有膜胞器的來源：細胞膜的infolding
b. Endosymbiosis：內共生假說：葉綠體，粒線體
由Lynn Margulis發展此學說
證據：
1. 大小與細菌相似
2. 能夠行無性生殖
3. 部分酵素與細菌同
4. 比對SSU-rRNA發現粒線體近於proteobacteria；plastid則近於cyanobacteria
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